Jacques-Joseph Duguet est né en 1649 à Montbrison. Montrant d'intéressantes dispositions au cours de ses études, il entra à l'Oratoire et fut reçu en 1667 dans la maison de Paris. Après des séjours en Province, il fut ordonné prêtre en 1677. Professeur de théologie au séminaire de Saint-Magloire, il fut envoyé en 1682 à Strasbourg, ce qui semble avoir été une discrète façon de l'éloigner. En effet, la congrégation de l'Oratoire, secouée par la querelle janséniste, était alors en effervescence et Duguet, comme son contemporain Pasquier Quesnel, faisait montre d'un augustinisme rigoureux. Refusant de signer le formulaire, il quitta l'Oratoire en 1685 et fit auprès d'Arnauld et Quesnel un court séjour à Bruxelles. Sorti de la clandestinité en 1690, il s'éloigna peu à peu, par son refus des positions extrêmes, des plus acharnés des jansénistes. En 1712, il développa un "système sur la conversion des juifs", accomplissement prophétique et moyen de rédemption d'une Eglise corrompue. On retrouva ensuite de tels thèmes dans le courant figuriste parmi lesquels on retrouve l'abbé d'Etemare.

Opposant à la bulle Unigenitus, il se retira en Savoie et y rédigea des un traité de politique d'inspiration chrétienne à l'intention du duc héritier qui fut publié en 1740, après sa mort, sous le titre "Institution d'un prince". De retour à Paris, il se montra l'un des plus farouches appelants de la bulle Unigenitus et dut mener une vie de semi-clandestinité entrecoupée de périodes d'exil. Hostile aux Nouvelles Ecclésiastiques et aux convulsions, il s'éloigna de plus en plus des jansénistes extrémistes au nombre desquels on trouvait l'abbé d'Etemare et mourut en 1733.